پیچیدگی پیاده‌سازی: پیاده‌سازی یک سیستم BPMS ممکن است نیازمند منابع زیادی از جمله زمان، پول و منابع انسانی باشد.

پیچیدگی مدیریت: برخی از نرم‌افزارهای BPMS ممکن است پیچیده و دشوار در مدیریت باشند، به خصوص زمانی که نیاز به تغییرات و تنظیمات پیچیده دارند.

وابستگی به تکنولوژی: استفاده از BPMS ممکن است منجر به وابستگی به تکنولوژی و ابزارهای خاص شود که ممکن است در آینده به مشکلاتی منجر شود.

هزینه: هزینه‌های نرم‌افزار BPMS ممکن است بالا باشد، به خصوص برای سازمان‌های کوچک و متوسط.

پذیرش و انطباق: برخی از کارمندان و مدیران ممکن است مقاومت نشان دهند و در پذیرش و استفاده از BPMS مشکل داشته باشند که می‌تواند فرآیند پیاده‌سازی را کند و موفقیت را تحت تاثیر قرار دهد.

به طور خلاصه، BPMS می‌تواند برای سازمان‌ها منجر به بهبود عملکرد و بهره‌وری شود، اما نیازمند بررسی دقیق نیازها و شرایط سازمانی است تا مطمئن شوید که این نوع نرم‌افزار برای شما مناسب است.